Näppäimet eivät ole soittimissa samoilla etäisyyksillä toisiinsa nähden toisin kuin kaaviokuvissa on esitetty. Vasemmalla puolella on kuva 142-äänisen reiniläisjärjestelmäisen bandoneonin bassopuoli, jota voit verrata alla olevaan järjestelmää vastaavaan kaaviokuvaan. Näppäimien asettelu on ensisilmäyksellä ehkä hieman sekava, mutta pystysuunnassa olevat, hieman kaarevat rivit ovat kuitenkin helposti havaittavissa.

Bandoneonia soitettaessa kämmenet eivät liiku kuten harmonikkaa soitettaessa. Kummallekin kädelle on oma remmi, jonka alle kämmen tulee. Peukalot jäävät remmien ulkopuolelle ja oikean käden peukalolla käytetään ilma-aukon vipua. Kämmenen ollessa sidottuna remmillä paikalleen näppäimien sijoittelu on huomioitu sormien liikeratojen perusteella. Tämän takia uloimmat rivit menevät hieman limittäin keskenään.

Bandoneoneissa on erilaisia näppäinjärjestelmiä aivan kuten harmonikoissakin. On vaihtoäänisiä ja samanäänisiä järjestelmiä, joskin harmonikoissa vaihtoääniset soittimen ovat yksi - kolmerivisiä ja kromaattiset kolme - kuusirivisiä. Bandoneonissa tilanne on toinen. Se, että on 142-ääninen ja 144-ääninen bandoneon, ei tarkoita sitä, että soittimissa olisi yhden näppäimen ero, vaan kyseessä on kaksi tyystin erilaista näppäinjärjestelmää, joilla on oma kehityskaarensa.

Tämän lisäksi on olemassa lukuisia muitakin näppäinjärjestelmiä bandoneoniin, joista tällä sivulla esitetään vain osa. Kuten muissakin harmonikkasoittimissa, on bandoneonin näppäinjärjestelmiä vuosien saatossa esiintynyt mitä erilaisimpia.

110-ääninen vaihtoääninen bandoneon on 142-äänisestä reiniläisestä järjestelmästä tehty kouluversio. Painoltaan 110-ääninen soitin on noin kilon verran kevyempi 142-ääniseen viisikiloiseen verrattuna. 142-äänisellä bandoneonilla on myös hieman isompi runko, jotta sisuskalut mahtuvat soittimen sisälle.

Kaavioissa näppäin on jaettu kahteen osaan kuvan tavoin . Kaavioissa näppäimen yläosa ilmoittaa vetoääneen ja alempi työntöäänen. Heittomerkit ilmoittavat oktaavialan: a'' tarkoittaa kaksviivaista a-ääntä ja niin edelleen.

Bandoneoneissa on harmonikan tavoin jaettu diskantti ja basso omiksi yksiköikseen. Bassoa soitetaan vasemmalla ja diskanttia oikealla kädellä. Vaihtoäänisten bandoneonien haastavuus lienee siinä, että yhdessä soittimessa on neljä erilaista näppäinjärjestelmää – kaksi näppäinjärjestelmää diskantille ja kaksi bassopuolelle.

Alla 142-äänisen vaihtoäänisen bandoneonin näppäinkaavio.

Samanäänisissä näppäinjärjestelmissä yhdestä näppäimestä tulee sama ääni paljetta vedettäessä ja työnnettäessä.

146-äänisessä järjestelmässä kromaattinen asteikko muistuttaa jokseenkin kromaattisissa harmonikoissa olevaa järjestelmää. Diskantin äänet menevät d'-cis''' aivan kuten harmonikassa kolmella rivillä (sisimmillä riveillä bandoneonissa) ja dis''' - h''' -väliset äänet jatkavat kulkuaan loogisesti pystyrivein. Bassoäänet eivät ole identtisiä käänteisen diskantin äänien sijaintien kanssa, mutta samaa logiikkaa on käytetty. Näppäimistön loogisuutta voidaan kuvata siten, että kolme lähinnä remmiä olevaa riviä ovat lähtökohtana näppäimien sijainnille. Uloimmat rivit ovat sisimpien rivien jatkeita. Aivan kuin L-kirjaimesta olisi taivutettu U-kirjain taivuttaen kirjainta kummastakin päästä.